Пара усыновила двух детей - дочь Изабеллу Джейн в 1992-м и сына Коннора Энтони в 1995-м. Удивительно, но закончились их отношения также, как начались - на съёмочной площадке. Это была драма "С широко закрытыми глазами" - между супругами произошёл серьёзный разлад и в 2001 году Круз подал заявление на развод. Для Николь это стало абсолютным потрясением и психологической травмой. Основной причиной расставания назывался отказ актрисы присоединиться к церкви сайентологии, ярым адептом которой является Круз.
Интересно, что приёмные дети пары в вопросе религии встали на сторону отца и почти прекратили общение с матерью. В интервью спустя несколько лет после развода Кидман призналась, что всё ещё любит Круза: "Он очень много для меня значил, и значит до сих пор. Для всех он был звездой, для меня же просто Томом. Он был добр ко мне, я любила его. И сейчас люблю".