Группа сформировалась, когда участники учились в Клирмонте - Мюррей и Кейн в Pomona College, Майкл Таппер в Harvey Mudd College. Ребята записали три «хэнд-мэйд» ЕР (Bitching!, Safety, Fun, and Learning (In That Order) и In Action) и записали первую долгоиграющую пластинку With Love and Squalor на Virgin Records. Тремя первыми синглами стали «Nobody Move, Nobody Get Hurt», «The Great Escape» и «It’s a Hit». Альбом получил такое название из-за рассказа Сэлинджера «Дорогой Эсм с любовью - и всякой мерзостью».
Не так давно был записан альбом Crap Attack, который включает в себя множество В-сайдов и кавер-версий. Название We are Scientists группа получила не случайно. Однажды работник U-Haul увидел их оборудованние, взятое напрокат, внешность «ботаников» и поинтересовался, не ученые ли они. Ребята ответили «нет», о чем позднее пожалели.
1 ноября 2007 года NME сообщил об уходе Майкла Таппера из группы по невыясненным причинам. Также сообщалось, что он не планирует присоединиться к We are Scientists на время тура по Великобритании.