Группа была образована в 1990 году братьями Кэванах в Ливерпуле, Великобритания. Инициатором стал старший брат Дэниел. Тогда группа носила имя Pagan Angel (англ. языческий ангел). В состав её входили братья Кэванах (гитаристы Винсент и Дэниэл и басист Джэми), вокалист Даррэн Уайт и ударник Джон Дуглас. В ноябре 1990 команда записывает своё первое демо An Illiad Of Woes. Для группы это была просто тренировка, они записывали демо исключительно для себя и своих знакомых. В это же время группа делает первые попытки выступлений, играя «на разогреве» у уже известных в то время дэт-команд Paradise Lost и Bolt Thrower. Тогда же название группы меняется на Anathema — «анафема», то есть «отлучение от церкви».
В июле 1991 г. записывается второе демо All Faith Is Lost (англ. Вся вера утеряна). Демо было известно уже не только в кругу друзей и близких, появились первые рецензии и оценки. Группой заинтересовалась звукозаписывающая студия Peaceville Records, и в 1992 году выходит сингл They Die на Witchunt Records. Группа впервые сталкивается с проблемами: состав покидает Джэми Кэванах, вместо него бас-гитаристом становится близкий друг братьев Дункан Паттерсон, с которым они работали в маленькой студии в Ливерпуле при записи демо. Авторами текстов были Дэнни и Дункан.
Летом 1992 г. группа начинает запись своего первого альбома. Несколько композиций из него предварительно выходят в виде мини-альбома The Crestfallen ("Павший духом"). После записи The Crestfallen было проведено турне с американцами Cannibal Corpse. Немного позднее, в феврале 1993 г. группа представляет и сам дебютный альбом Serenades. Работа принесла группе известность за пределами родного города, критика приняла альбом положительными отзывами, а на американском канале MTV попал в ротацию клип на песню «Sweet Tears». Также Serenades попал на второе место чарта журнала Kerrang, а Metal Hammer назвали его альбомом месяца. Помимо «тяжёлых» композиций альбом содержал и хрупкую акустическую балладу «J'Ai Fait une Promesse» - первый опыт группы с женским вокалом, который впоследствие станет неотъемлемой частью музыки Anathema. После выпуска альбома группа начинает выступать с концертами в Великобритании и приобретает первый опыт выступлений. В 1993 г. Anathema впервые выступает за пределами родины, проводятся концерты в Нидерландах и Бельгии.
После альбома Serenades выходит лимитированная семидюймовка We are the Bible в виде пурпурных дисков, в которую были включены две коипозиции - Nailed to the Cross/666 и Eternal Rise of the Sun. Этот релиз распространялся исключительно среди членов Peaceville Collectors Club и через официальный фан-клуб Anathema. Также участники группы участвовали в записи трибьют альбома In the Name of Satan - Tribute to Venom исполнив песню «Welcome to Hell».
В мае 1994 года к выходу готов мини-альбом Pentecost III, но из-за проблем с звукозаписывающей студией Peaceville Records выпуск диска отложился на неопределённый срок. В начале 1995 года диск всё же выходит, в этом году вокалист Даррэн Уайт покидает состав группы (из-за творческих разногласий) и создаёт свою собственную группу The Blood Divine. Для группы снова наступают трудные времена, состав не меняется, а вокалистом становится Винсент Кэванах.
Обложка альбома The Silent EnigmaПосле ухода Уайта в группе начинаются большие перемены: изменяется звучание, группа постепенно отходит от традиционного дума. С каждым годом музыка становится всё более спокойной, появляются эксперименты с электроникой. Именно с этого времени Anathema всё чаще начинают сравнивать с Pink Floyd. Работой, ознаменовавшей кардинальную смену направления, стал альбом The Silent Enigma, выпущенный в мае 1995 г. Многие критики считают его лучшей работой группы до настоящего момента.
В поддержку альбома команда осуществила турне по крупнейшим городам Европы, по окончании которого началась подготовка нового альбома.
В ноябре 1996 г. выходит третий по счёту полноценный альбом Eternity. В работе над ним группа претерпевает наибольшее количество изменений за свою историю. При создании альбома возникли проблемы выбора студии, в которой будет происходить сведение записи, а также проблема сессионных музыкантов, приглашённых на запись. К записи был подключен клавишник Лес Смит из группы Cradle of Filth (пока лишь как сессионный музыкант), а для исполнения партий женского вокала была приглашена Мишель Ричфилд из группы Dominion. В 1996 группа выпускает также и первое официальное VHS видео A Vision Of A Dying Embrace с записью концерта, на котором исполнялись преимущественно композиции с альбома The Silent Enigma. В том же году из-за проблем с наркотиками группу покидает ударник Джон Дуглас. Восполнить состав новым ударником сразу не удалось, в связи с этим группа пошла на компромисс, и вместо полноформатного альбома были записаны несколько каверов на песни Pink Floyd и кавер-версия композиции группы Slayer «Read Between the Lies» для трибьюта Slatanic Slaughter II Эти каверы позднее были изданы на сборнике Peaceville X, выпущенном Peaceville Records в 1998 г.
Четвёртая полноформатная работа группы, логично озаглавленная Alternative 4, увидела свет в 1998 г. и стала пиком творческой активности Дункана Паттерсона, написавшего значительную часть музыки и лирики. Альбом записывался при содействии сессионного ударника из дружественной британской команды Solstice, а песня-хит Empty содержала нехарактерную для группы партию драм-машины. Также из инноваций следует отметить участие сессионной скрипки, внёсшей свой вклад в особую атмосферу диска, - пожалуй, никогда больше группа не звучала столь кристалльно-безысходно, что подчёркивалось и возросшей вокальной техникой Винсента, которая в кои-то веки не оставила пространства для женских партий. Кроме того, Alternative 4 стал первым альбомом, записанным в по-настоящему профессиональной студии, и последним альбомом с участием Дункана Паттерсона, по выходе из группы организовавшего успешный проект Antimatter, ориентированный на более электронное звучание.
Кроме Паттерсона (его заменил Дэйв Пабс) группу покинул ударник Шон Тейлор Стилс. За ударную установку вернулся Дуглас, а постоянным клавишником стал Мартин Пауэлл из My Dying Bride. В этом составе был записан следующий альбом Judgement, на котором музыканты продолжили эксперименты с медитативным электронным звучанием. В следующем году Пауэлла сменил Лес Смит, уже в качестве постоянного члена группы. Постоянной бэк-вокалисткой стала Ли Дуглас, сестра Джона Дугласа.
В 2001 вышел очередной студийный альбом A Fine Day To Exit. Вскоре после этого Пабс ушел в Cradle of Filth. Концертным басистом кратковременно поработал Джордж Робертс, а затем в группу вернулся Джэми Каванах.
В 2002 г. Дэниэл объявил об уходе из группы, поскольку он хотел сосредоточиться на сольных проектах и работе с Antimatter. В следующем году он вернулся, и группа записала последний на данный момент альбом A Natural Disaster.
В 2004 года Sony BMG поглотила Music for Nations, в результате чего Anathema остались без лейбла. Несмотря на финансовые трудности, музыканты сумели записать несколько синглов, которые распространялись через официальный сайт группы, и в течение 2005—2007 годов периодически устраивать европейские турне. Тогда же вокалистка Ли Дуглас, сестра ударника, которая исполняла женские партии со времён Judgement, стала постоянным участником группы. В середине 2006 года вышел второй DVD группы A Moment In Time, который был отснят во время мартовского концерта в Польше. В ходе турне исполнялись песни, записанные для нового, восьмого, альбома. Одновременно песни выкладывались на официальном сайте, где каждый фанат мог скачать их бесплатно или за добровольное пожертвование (первыми были выложены «Everything» и «A Simple Mistake»).
Выход альбома неоднократно переносился и откладывался. Трек-лист и название Everything были анонсированы ещё в конце 2006 года. Затем название было изменено на Paradigm Shift. В 2008 году было объявлено, что на лейбле Kscope выйдет сборник Hindsight, который будет включать акустические версии старых песен и новую работу «Unchained (Tales Of The Unexpected)», а выход номерного альбома, уже под названием Horizons, первоначально был намечен на конец года, но затем был перенесён на февраль 2009 года.